Nacionalni projekti

Naslov projekta

Implementacija prehranskega načrtovanja in vadbe v bolnišnici

Akronim

FIT IN SIT

Vodilna organizacija

UKC MARIBOR

Vodja

Doc. dr. Matjaž Horvat, dr. med.

Koordinator

Aljaž Valič, mag. kin.

Trajanje

1. 11. 2022 – 17. 11. 2025

Program

Sofinanciranje programov varovanja in krepitev zdravja do leta 2025

Financer

Ministrstvo za zdravje

Vrednost projekta

102'582.00 EUR

Vsebinski opis

V ospredje težav javnega zdravja v Sloveniji in po svetu sodijo v zadnjem obdobju kronične bolezni. Globalna ocena stroškov zdravljenja kroničnih bolezni je več bilijonov dolarjev letno, zahtevajo tudi več kot 36 milijonov smrti na letni ravni. Zaradi spremembe načina življenja, ki je danes vedno bolj sedeč, kroničnih bolezni ne moremo več povezovati le s starejšo populacijo, saj se pojavljajo pri vedno mlajših. Vodilna dejavnika za nastanek kroničnih bolezni sta pomanjkanje telesne aktivnosti in nezdravo prehranjevanje. Ustrezna prehranska podpora v bolnišnici je ključen dejavnik za preprečevanje podhranjenosti pri hospitaliziranih bolnikih. Številni med njimi (skoraj vsak tretji) so podhranjeni že ob sprejemu v bolnišnico. Če podhranjenost ostane prezrta, se bolnikovo zdravstveno stanje slabša, podaljšujejo se ležalne dobe, prihaja do zdravstvenih zapletov, zdravljenje je dražje, okrevanje in rehabilitacija sta podaljšani. Zgodnje prehransko ukrepanje lahko zmanjša pogostost zapletov, dolžino bivanja v bolnišnici ter stroške oskr

Prepoznava in obravnava podhranjenosti ne sme biti usmerjena samo na ohranjanje ali povišanje telesne teže temveč mora biti usmerjena predvsem v ohranjanje in preprečevanje izgube mišične mase.

Vse več dokazov kaže, da se lahko telesna vadba, če je pravilno odmerjena, uporablja kot zdravilo. Pri kroničnih boleznih, kjer bolnik izgublja funkcionalne sposobnosti, mišično maso ter pri nekaterih presnovnih motnjah, se je intervencija vadbe izkazala kot ne samo uspešen, ampak celo potreben ukrep in je bila v nekaterih primerih celo bolj uspešna kot zdravila, še posebej v kombinaciji z nadzorovanim vnosom hranil in s primernim farmakološkim zdravljenjem.

Primarni cilj projekta bo zagotoviti večji delež strokovno usposobljenih zaposlenih v zdravstvu na področju spremljanja stanja prehranjenosti in funkcijske zmožnosti bolnikov in starejših odraslih ter prehranskega svetovanja in podporne obravnave na vseh ravneh zdravstvenega varstva. Z izobraževanjem bomo prenesli znanje na druge zdravstvene delavce in sodelavce ter zagotovili bolj uspešno obravnavo bolnikov. K sodelovanju bomo povabili tudi zaposlene v UKC Maribor (3500 zaposlenih), katere bomo usposabljali za implementacijo novih znanj pri delu s pacienti in jih vzpodbujali k zdravemu življenjskemu slogu.

Za izvajanje programa bo ključna ustanovitev Skupine za klinično prehrano in zdrav življenjski slog, ki bo vključevala profile: zdravnika specialista, dietetika, fizioterapevta, kineziologa in medicinsko sestro. Na novo formirana skupina se bo ukvarjala tako z bolniki kot z zaposlenimi v ustanovi.

S projektom bomo posredno vplivali na specifične cilje:

- povečanje deleža prebivalcev, ki se zdravo prehranjujejo;

- povečanje deleža ogroženih posameznikov, ki se zdravo prehranjujejo in so telesno dejavni;

- povečanje deleža ozaveščene splošne populacije, ki se zdravo in uravnoteženo prehranjuje ter je dovolj telesno dejavna;

- povečali delež prebivalcev, ki je obveščen o problemu debelosti kot posledici pasivnega

in sedečega načina življenja;

- povečali delež splošne populacije in bolnikov, ki je obveščen o vplivu prehrane in telesne vadbe za ohranjanje zdravja in uspešnega okrevanja po zdravljenju.

zagotovili ustrezno prostorsko načrtovanih okolij v zdravstvu, ki omogočajo zdrav življenjski slog in več

telesno aktivnih prebivalcev.

Naslov projekta

Endotelna disfunkcija, vnetje in oksidativni stres pri bolnikih, ki so operirani na srcu

Šifra

J3-50120

Vodja

Dr. Marko Zdravkovič, dr. med.

Vodilna organizacija

Univerzitetni klinični center Maribor

Projektna skupina

Tip

Temeljni raziskovalni projekt

Trajanje

1.11.2023 – 31.10.2026

Financer

Javna agencija za znanstvenoraziskovalno in inovacijsko dejavnost RS

Vsebinski opis

Srčna operacija je poseg z visokim tveganjem za perioperativne zaplete in se običajno izvaja s pomočjo zunajtelesnega krvnega obtoka (ZKO). Uporaba ZKO je povezana z motnjami mikrocirkulacije, kar lahko privede do razvoja perioperativnih zapletov, kot so zmanjšana perfuzija tkiv in posledična hipoksija s pooperativno disfunkcijo organov, kar lahko oteži potek bolnikovega okrevanja. Srčna kirurgija povzroči sistemski vnetni odziv, ishemično-reperfuzijsko poškodbo in akutno travmo, kar vse prispeva k endotelijski disfunkciji. Žilni endotelij je vključen v vnetni odziv na srčno operacijo in se je nedavno uvrstil na seznam raziskovalnih in kliničnih prioritet. Luminalna površina žilnega endotelija je prekrita z večmolekularno želatinasto plastjo, ki jo imenujemo glikokaliks. Glikokaliks ima pomembno fiziološko vlogo pri vzdrževanju žilnega tonusa in prepustnosti, mehanosenzaciji, mehanotransdukciji, interakciji med krvjo in endotelnimi celicami, signalizaciji dušikovega oksida, lovljenju prostih kisikovih radikalov in homeostazi tekočin. Endotelijski glikokaliks je dinamična struktura s šibkim ravnovesjem med razgradnjo in sintezo. V patoloških stanjih ali travmi, kot je srčna operacija, se sproži vnetni odziv, ki lahko negativno vpliva na to ravnovesje. Povišane koncentracije kazalnikov razgradnje endotelnega glikokaliksa, kot so sindekan-1, heparan sulfat ali hialuronska kislina, so povezane z disfunkcijo organov in slabšim izidom zdravljenja kritično bolnih. Ishemijsko-reperfuzijska poškodba, ZKO, preobremenitev s tekočino ali hipovolemija med operacijo srca lahko prispevajo k razgradnji endotelijskega glikokaliksa. Kvantifikacija razgrajenih komponent endotelnega glikokaliksa lahko služi kot napovedni biomarker za oceno stopnje razgradnje endotelija in možne disfunkcije organov. Čeprav ZKO ostaja nefiziološki postopek vzdrževanja življenja, je splošno sprejet kot varna in učinkovita metoda za operacijo na odprtem srcu, ko je treba srce in pljuča izključiti iz krvnega obtoka, da se lahko omogoči izvedba kirurškega posega. Ena od najbolj nefizioloških značilnosti ZKO je nepulzirajoč pretok, ki ga ustvari črpalka v napravi za zunajtelesno cirkulacijo. Nedavni dokazi kažejo, da je pulzirajoči ZKO morda bolj fiziološki, saj posnema pojav strižnega stresa na ožilju, vendar vloga pulzirajočega v primerjavi z nepulzirajočim ZKO še zdaleč ni popolnoma razumljena. Namen predlaganega projekta je raziskati vpliv nepulzirajočega in pulzirajočega ZKO na endotelno disfunkcijo, oksidativni stres in vnetni odziv pri bolnikih, pri katerih se izvaja zamenjava aortne zaklopke ali premostitev koronarne arterije z obvodom med operacijo in v zgodnjem pooperativnem obdobju. Spremembe endotelijskega glikokaliksa, stopnjo oksidativnega stresa in povečanje vnetnega odziva bomo korelirali z anesteziološko oskrbo, kirurškim zdravljenjem ter pojavom organske disfunkcije, pa tudi z okrevanjem in izidom zdravljenja bolnikov. Dinamične spremembe endotelijskega glikokaliksa bomo pridobili in analizirali klinično ter paraklinično, da bi našli kvalitativne in kvantitativne biomarkerje, ki bi lahko bili koristni za napoved bolnikovega poteka okrevanja po srčni operaciji.

Bibliografske reference

Naslov projekta

Individualizacija zdravljenja raka endometrija

Šifra

J3-4523

Vodja

Doc. dr. Jure Knez, dr. med.

Vodilna organizacija

Univerzitetni klinični center Maribor

Projektna skupina

Tip

Temeljni raziskovalni projekt

Trajanje

1.10.2022 – 30.09.2025

Financer

Javna agencija za znanstvenoraziskovalno in inovacijsko dejavnost RS

Vsebinski opis

Rak endometrija je najpogostejši ginekološki rak v razvitem svetu, z incidenco 19,3/100.000 žensk. Z diagnostičnimi postopki, ki so trenutno na voljo, v velikem deležu zaznamo visoko tvegano bolezen, ki je sicer v zgodnjem stadiju. To nakazuje potrebo po orodjih, ki bi bolje ocenila tveganje bolezni ter izboljšala možnosti zdravljenja žensk.

V projektu bomo določili molekularne podtipe raka endometrija in jih nato analizirali v povezavi z novimi molekularnimi biomarkerji, kot so CTNNB1 in L1CAM. Na ta način bomo ocenili možnosti izboljašave trenutnih molekularnih klasifikacij. Osredotočili se bomo na raziskave novih translacijskih biomarkerjev za oceno poteka bolezni. Med te vključujemo evkariotske iniciacijske faktorje in evkariotske elongacijske faktorje. V povezavi s temi markerji, bomo bolnicah z rakom endometrija ponudili natančno ultrazvočno preiskavo. Na ta način bomo ocenili predvsem pomen novih ultrazvočnih markerjev, ki jih omogoča sodobna ultrazvočna preiskava za oceno tumorja. Ti markerji bi lahko dodatno pripomogli k boljši oceni tveganja bolnic in izboljšani nadaljnji obravnavi bolezni.

V drugem delu projekta bomo raziskali nove, minimalno invazivne metode za izboljšanje diagnostike in karakterizacije bolezni. Osredotočili se bomo na razvoj metode tekočinske biopsije in analize prostocelične DNA pri ženskah z rakom endometrija. Prav tako bomo analizirali možnost tekočinskega citološkega vzročenja endometrija za diagnozo bolezni. Te metode bi lahko ne le izboljšale karakterizacijo bolezni, ampak tudi odprle nove možnosti v preventivi in presajanju raka endometrija v populaciji z visokim tveganjem zbolevanja.1

Bibliografske reference

Naslov projekta

Vpliv različnih kirurških tehnik na molekularne mehanizme razsoja ginekoloških rakov.

Šifra

J3-3069

Vodja

Prof. dr. Iztok Takač, dr. med., višji svetnik

Vodilna organizacija

Univerzitetni klinični center Maribor

Projektna skupina

Tip

Raziskovalni projekt

Trajanje

1.10.2021 - 30.9.2024

Financer

Javna agencija za znanstvenoraziskovalno in inovacijsko dejavnost RS

Vsebinski opis

Vpliv minimalno invazivne kirurške tehnike, zlasti vpliv CO2 pnevmoperitoneja in uporabe manipulatorja pri zdravljenju raka materničnega vratu je trenutno pod drobnogledom zaradi slabega splošnega preživetja v primerjavi s klasično, odprto operacijo raka materničnega vratu. Nedavna multicentrična raziskava je pokazala, da so imeli bolniki, zdravljeni zaradi raka materničnega vratu z laparoskopskim pristopom, večje tveganje za ponovitev in slabše splošno preživetje kot ženske, zdravljene z odprto operacijo. Presenetljiv rezultat je bil edinstven za raka materničnega vratu, saj predhodne klinične raziskave raka endometrija niso pokazale takšnih neželenih izidov različnih tehnik. Nejasen vzrok razlik je povod za natančnejši pregled in razumevanje mehanizmov delovanja. Možno pot razširjanja tumorja med kirurškim posegom predstavlja uporaba CO2 pnevmoperitoneja in manipulatorja. CO2 pnevmoperitonej je bil predhodno ocenjen v študijah z nasprotujočimi si rezultati. Predklinično razumevanje razsoja tumorja z manipulatorjem pa še sploh ni bilo preizkušano. Zato so cilji tega projekta: i) opredeliti spremembe v rakavih celicah izpostavljenih CO2 z uporabo analize genske ekspresije v celičnih kulturah in uporabo RNA-seq; ii) pridobiti razumevanje mehanističnega ozadja imunoloških in vnetnih dogodkov s pomočjo prepoznavanja obnašanja komponent matriksa in adhezijskih molekul (Western blot in RT-PCR); iii) razvoj kirurškomehanični in-vitro model z uporabo in-vitro real time simulacije »strižnega stresa« in »mehanskega stresa«. Naš model raziskovanja omogoča celovito razumevanje vključenih dejavnikov, s poudarkom na globalni ekspresiji genov kot odzivu na CO2 pnevmoperitonej, usmerjenem proučevanju molekularnih interakcij, proučevanju sprememb v komunikaciji celic celične linije in razvoju bolj natančnega modela simulacije uporabe manipulatorja in vpliva le tega na rakave celice. Tako bomo lahko ocenili vpliv laparoskopije na razsoj tumorja in doprinesli do na podlagi dokazov osnovanega odločanja pri kliničnem zdravljenju ginekoloških rakov.

Bibliografske reference

Naslov projekta

Sistemski pristopi k raziskavam človeškega genoma za personalizirano medicino kroničnih imunskih bolezni

Šifra

P3-0427

Vodja

Izr. prof. dr. Uroš Potočnik, univ. dipl. inž. kem. tehnol.

Vodilna organizacija

Univerzitetni klinični center Maribor

Projektna skupina

Tip

Raziskovalni program

Trajanje

1.1.2022 - 31.12.2027

Financer

Javna agencija za znanstvenoraziskovalno in inovacijsko dejavnost RS

Vsebinski opis

Farmakogenomski biooznačevalci za odziv na klasična zdravila (male sintetične molekule) so razmeroma dobro raziskani. Vključujejo predvsem variante v genih za presnovo in transport zdravil (ksenobiotikov) ter se že vpeljujejo v klinično prakso. Variabilnost v odzivu na novejša biološka zdravila je slabše raziskana, hkrati pa predvsem na področju kroničnih imunskih bolezni prihajajo v uporabo vedno nova biološka zdravila za različne molekularne tarče, ki omogočajo izbiro in personalizirano zdravljenje. V okviru raziskovalnega programa želimo molekularne procese in mehanizme poteka bolezni in odziva na zdravljenje raziskati z novimi pristopi sistemske biologije in (bio)medicine, kjer težimo k čim bolj celostni obravnavi bioloških procesov. S pristopi sistemske medicine bomo preučevali molekularne mehanizme neodzivnosti na biološka zdravila pri kroničnih imunskih boleznih (kronična vnetna črevesna bolezen, revmatoidni artritis, luskavica, astma). Raziskali bomo tudi nekatere bolezni, ki povzročajo kronična vnetja in / ali jih zdravimo z modulacijo imunskega odziva, kot sta rak glave in vratu in COVID-19. Pri slednjem bomo med drugim iskali biooznačevalce, ki bodo pomagali določiti za posameznika najučinkovitejše ter najmanj tvegano cepivo. Celovit in podroben vpogled v različne skupine biomolekul in njihovih povezav v signalna, metabolna in druga omrežja v celici na osnovi ogromnega števila podatkov, ki jih bomo pridobili z najsodobnejšo tehnologijo multi-omik, kot so genomika, transkriptomika, proteomika, epigenomika, metabolomika, bomo povezali s kliničnimi podatki. S pomočjo bioinformatske analize bomo razvili modele molekularne patogeneze in odkrili biooznačevalce za klasifikacijo bolnikov na osnovi molekularnih endotipov za spremljanje poteka bolezni in personalizirano medicino. Modele molekularno bioloških procesov bomo nadgradili z integracijo podatkov na različnih nivojih (organel, celica, tkivo, organ, organizem). Z integracijo molekularnih podatkov, kliničnih podatkov in podatkov vplivov okolja bomo izdelali napovedne modele za personalizirano medicino. Raziskave bomo izvajali s pomočjo obsežne biobanke kliničnih vzorcev (DNA, RNA, proteini izolirani iz seruma, sline, blata, urina, brisov sluznic, različnih tkiv), ki vključuje preko 6000 bolnikov, in ki jo razvijamo v skladu z najvišjimi mednarodnimi standardi. Biobanka je povezana z obsežno zbirko kliničnih podatkov bolnikov, vključno z odzivom na zdravljenje. Večjo zanesljivost biooznačevalcev bomo dosegli s predhodnim procesiranjem kliničnih vzorcev za izolacijo posameznih celičnih podtipov. V ta namen skupaj z industrijo razvijamo novo tehnologijo za avtomatizirano, enostavno in cenovno ugodno ločevanje različnih podtipov celic. Novoodkrite biooznačevalce bomo tudi funkcijsko ovrednotili z in vitro celičnimi modeli temelječimi na primarnih celicah bolnikov. Poleg standardnih funkcionalnih celičnih modelov bomo razvijali tudi 3D organoidne modele in v končni fazi organe na čipu.

Bibliografske reference

Naslov projekta

Reprodukcija človeka – laboratorijski in eksperimentalni vidiki

Šifra

P3-0327

Vodja

Prof. dr. Borut Kovačič, univ. dipl.biol.

Vodilna organizacija

Univerzitetni klinični center Maribor

Projektna skupina

Sestava programske skupine

Tip

Raziskovalni program

Trajanje

1.1.2020 - 31.12.2025

Financer

Javna agencija za znanstvenoraziskovalno in inovacijsko dejavnost RS

Vsebinski opis

Raziskovalni program je nadaljevanje laboratorijskih in kliničnih raziskav vezanih na reprodukcijo človeka in uroginekologijo.

Del raziskav bo usmerjen v genetske in imunološke vzroke nepravilne signalizacije endometrija v času implantacijskega okna pri ženskah z adenomiozo in endometriozo ter pri preiskovankah z neuspešnimi IVF ciklusi.Morebitno zaznani geni s spremenjenim izražanjem značilnim za adenomiozno skupino bi lahko razložili molekularni vzrok za domnevno spremenjeno receptivnost endometrija pri ženskah s to boleznijo. Raziskava bo vključevala 20 – 30 žensk v preiskovani adenomiozni in tudi v kontrolni skupini. Ultrazvočni pregled in odvzem vzorca endometrija bomo opravili sedmi dan po vrhu LH. Del biopsije bomo uporabili za histološko datiranje endometrija, drugi del vzorca bomo uporabili za izolacijo celokupne RNA in nadaljnjo genetsko analizo. Seznam morebitnih diferenčno izraženih rezultatov pri adenomiozni skupini, ki bi jih zaznali z metodo RNAseq, bomo dalje naložili v bioinformacijska orodja in z metodo genske ontologije določili njihovo molekularno vlogo.

V krvi bomo z imunofenotipizacijo s pretočno citometrijo primerjali signalizacijo v FOXP3+ subpopulacijah posamezne bolnice z globoko endometriozo in jo primerjali s kontrolno skupino. Signalne poti bomo spremljali tudi v podvrstah FOXP3+CD4+ T limfocitov, ker predpostavljamo, da so spremembe v teh signalnih poteh lahko v ozadju sprememb homeostaze in funkcije Treg pri pacientkah z endometriozo. Vrednosti Treg in razmerje njihovih subpopulacij bomo ugotavljali tudi med uspešnimi in neuspešnimi ter med naravnimi in spodbujanimi IVF ciklusi.

V prospektivni randomizirani raziskavi primerjave vpliva 2% in 5% kisika v atmosferi embrionalnih kultur v IVF postopkih bomo primerjali morfokinetiko razvoja zarodkov in delež kliničnih nosečnosti pri obeh skupinah preiskovancev.

Prospektivno randomizirano raziskavo bomo uporabili tudi za primerjavo učinkovitosti dveh metod vitrifikacije blastocist: protokola s kratkotrajnim izpostavljanjem krioprotektantom pri umetno kolabiranih blastocistah in protokola z daljšo ekvilibracijsko fazo pri intaktnih blastocistah.

Vitrificirali bomo tudi semenčice. Za primere težkih oblik moške neplodnosti bomo razvijali metode za zamrzovanje majhnega (znanega) števila semenčic.

Pri moških z asthenozoospermijo bomo poleg klasičnega spermiograma izmerili tudi delež semenčic z DNK fragmentacijo in oksidativno reduktivni potencial (ORP). Ugotavljali bomo učinkovitost antioksidantih terapij s prehranskimi dopolnili ter analizo na semenu opravili pred in po antioksidantni dieti .

Razvili bomo lastno metodo tkivne rezine sečnega mehurja miši in s tem dobili metodologijo, ki nam bo služila za preučevanje fiziologije mehurja in delovanja novih farmakoloških agensov na gladkomišične celice mehurja.

Bibliografske reference

Bibliografske reference projektne skupine

Naslov projekta

Strategija za izboljšanje kvalitete življenja in ortopedskega zdravljenja hrustančnih poškodb – Napredni 3D (bio)tiskani nosilci za tkivno regeneracijo

Šifra

J3-2538

Vodja

izr. prof. dr. Matjaž Vogrin, dr. med.

Vodilna organizacija

Univerzitetni klinični center Maribor

Projektna skupina

Sestava projektne skupine

Tip

Temeljni raziskovalni projekt

Trajanje

1. 9. 2020 – 31. 8. 2023

Financer

Javna agencija za znanstvenoraziskovalno in inovacijsko dejavnost RS

Vsebinski opis

Lezije sklepnega hrustanca predstavljajo velik izziv za ortopede zaradi omejenega lastnega potenciala za celjenje. Trenutne možnosti zdravljenja, ki se uporabljajo v ortopedski praksi za zdravljenje hrustanca, dajejonepredvidljive in pogosto nezadovoljive rezultate. Na mestu poškodbe se oblikuje fibrozno tkivo s slabšimi biokemičnimi in biomehanskimi lastnostmi v primerjavi z zdravim hrustančnim tkivom. Področje regenerativne medicine in hrustančnega tkivnega inženiringa je zbudilo izjemen interes, ker predstavlja alternativno strategijo za obnovo hrustančnega tkiva in obljublja izboljšan klinični izid. Najsodobnejši koncept razvoja združuje uporabo biokompatibilnih in biorazgradljivih nosilnih materialov (nosilcev), aplikacijo rastnih faktorjev, uporabo različnih vrst celic in mehanično stimulacijo. Pomemben vidik oblikovanja nosilcev predstavljajo primerne 3D matrike, ki delujejo kot začetna podpora celicam, da se pripnejo, razmnožijo in oblikujejo svoj značilen zunajceličen matriks. Mikrostruktura nosilcev, ki jih uporabljamo pri hrustančnem tkivnem inženiringu lahko neposredno vpliva na vedenje nasajenih celic in je običajno povezana z mehaničnimi lastnostmi. Zato so se do danes uporabili različnih materiali in tehnike za nadzorovanje omenjenih značilnosti nosilca. Zanimiv pristop pri oblikovanju nosilca predstavlja 3Dbiotiskanje, ki omogoča izdelavo biokompatibilnih in biomehaničnih stabilnih nosilcev z nadzorovanimi dimenzijami por pri različnih oblikah. Manipulacija parametrov 3D biotiskanja in njihova optimizacija, kot tudi primerna izbira mateiala, omogoča izdelavo nosilca z želenimi arhitekturnimi značilnostmi. 3D biotiskanje na osnovi polisaharidov in mešanic polisaharidov v kombinaciji s sintetičnimi materiali omogoča nov vpogled v sposobnost izgradnje hibridnega biočrnila. V okviru tega projekta bomo odvzeli, izolirali in karakterizirali humane celice sklepnega hrustanca, ki jih bomo pridobili iz kirurškega odpada po opravljeni totalni kolenski artroplastiki, izdelali bomo nosilce za hrustančni tkivni inženiring z zgoraj navedeno metodo in ustvarili tkivne konstrukte, ki jih bomo inkubirali pod mehansko stimulacijo. Naše tkivno hrustančne konstrukte bomo karkterizirali z uporabo različnih metod, npr. testom živosti celic, konfokalno mikroskopijo in histološko analizo za ocenjevanje sposobnosti preživetja celic, imunohistokemijo in izražanje specifičnosti genov hrustanca. Dodatno bomo določili mehanske lastnosti in stopnjo razgradnje. Na ta način bomo razvili nove metode za učinkovito regeneracijo hrustanca, ki bi jih potencialno lahko uporabili v klinični praksi v prihodnosti. Z uspešnim zdravljenjem poškodb hrustanca lahko pričakujemo zmanjšano obolevnost za osteoartritisom in posledično izboljšano kakovost življenja pri ortopedskih bolnikih s hrustančno patologijo.

Raziskava bo potekala 3 leta.

Vljudno vabljeni k sodelovanju.

Naslov projekta

Zgodnje odkrivanje Alzheimerjeve bolezni z novimi biooznačevalci

Šifra

J3-1751

Vodja

Doc. dr. Martin Rakuša, dr. med

Vodilna organizacija

Univerzitetni klinični center Maribor

Projektna skupina

Sestava projektne skupine

Tip

Temeljni raziskovalni projekt

Trajanje

1. 7. 2019 – 30. 6. 2022

Financer

Javna agencija za znanstvenoraziskovalno in inovacijsko dejavnost RS

Vsebinski opis

Alzheimerjeva bolezen (AB) predstavlja več kot polovico vseh demenc in je najbolj pogosto nevrodegenerativno obolenje povezano s staranjem. V Sloveniji je po epidemioloških ocenah okrog 30.000 diagnosticiranih bolnikov z AB. V naslednjih 20 letih lahko pričakujemo, da se bo število bolnikov z AB povečalo za več kot 50% in skupno dosegalo okrog 50.000 bolnikov z AB, kar lahko opredelimo že kot epidemijo.

Demence vključno z demenco pri AB predstavljajo javno-zdravstveni problem, ki bo v bližnji prihodnosti tudi veliko moralno in finančno breme za slovensko družbo. Demenca pri AB je definirana kot kognitivni upad na področju spomina in še vsaj enem kognitivnem področju (McKhann et al. 2011).

Pri obravnavi je pomembno, izboljšati diagnostične postopke za zgodnje odkrivanje te bolezni. Pri tem si pomagamo z biooznačevalci, kot je npr. invazivna analiza možganske tekočine. Z eno izmed naših prejšnjih raziskav (šifra projekta IRP-2013/01-31) smo uvedli likvorsko diagnostiko demenc v UKC Maribor. Pri tej preiskavi bolnika lumbalno punktiramo in določimo koncentracije amiloida beta, tau in p-tau v likvorju. Danes preiskavo uporabljamo rutinsko pri obravnavi bolnikov z demenco.

Patološke procese odkrivamo tudi z neinvazivnimi metodami, ki os različno občutljive. Pri AB pride do strukturnih sprememb možganov in sprememb v prevajanju električnega toka, ki se prično najmanj pet let pred prvimi spominskimi težavam (Apostolova 2016). Prehod iz normalnega, nepatološkega staranja v demenco je postopen in se na samem začetku kaže kot blag kognitivni upad (BKU) na samo enem kognitivnem področju (spomin, jezik, pozornost, vidno-prostorske funkcije, izvršilne funkcije, socialne funkcije). Večina bolnikov z BKU v obdobju enega do treh let napreduje v demenco pri AB.

Okvare možganov se klinično kažejo s prizadetostjo različnih kognitivnih področji, ki jih lahko ugotovimo z nevropsihološkim testiranjem. Okvare lahko tudi fizično dokažemo z uporabo difuzijske sekvence (DTS) pri slikanju možganov z magnetno resonančnim tomografom (MR) (Kantarci et al. 2017a), medtem ko lahko tokovne in frekvenčne spremembe prevajanja električnega toka izmerimo z elektroencefalogramom (EEG) ter z dogodkom povezanimi potenciali (Kavcic et al. 2011). Vsaka preiskava posebej ima različno občutljivost. Dosedanje študije na bolnikih so bile usmerjene predvsem v oceno spomina, nekoliko manj pozornosti pa se je posvečalo drugim kognitivnim področjem. Vse opisane metode so neinvazivne in bi lahko združene v bateriji testov služile kot biooznačevalci zgodnje AB.

Namen naše raziskave je:

1. Ugotoviti specifične povezave med strukturnimi v beli možganovini in nevrofiziološkimi spremembami med bolniki z AB, BKU in zdravo populacijo.

2. Ugotoviti zgodnje strukturne in nevrofiziološke spremembe pri prehodu bolnikov iz BKU v AB.

3. Razviti baterijo testov za zgodnje odkrivanje AB.

V raziskavo bomo vključili priložnostni vzorec 20 zdravih prostovoljcev in vsaj 25 bolnikov z BKU in 25 bolnikov z blago obliko AB. Pri vseh bomo opravili standardne laboratorijske preiskave, nevropsihološko testiranje, MR slikanje možganov in nevrofiziolško testiranje (EEG, VEP-ZG). Preiskovanci bodo opravili dve nalogi. Prva je »Koherenčni dražljaji gibanja« s katero bomo določili minimalni vidni dražljaj, ki ga preiskovanci še zaznajo. V drugi nalogi »Z dogodkom povezani potenciali diskriminacije smeri gibanja«.

Raziskava bo potekala 3 leta.

Vljudno vabljeni k sodelovanju.

Bibliografske reference

Bibliografske reference projektne skupine

Realizacija

Do marca 2020 smo opravili presejalni obisk pri 15 osebah. V raziskavo smo vključili 12 preiskovancev. Pri vseh smo opravili predvideno psihološko in slikovno diagnostiko. Po protokolu nameravamo bolnike vključevati še leto dni.

Naslov projekta

Identifikacija molekularnih biooznačevalcev za napoved kliničnega poteka in zasevanja pri pacientkah s trojno negativnim rakom dojke

Šifra

J3-9272

Vodja

Prof. dr. Iztok Takač, dr. med., svetnik

Vodilna organizacija

Univerzitetni klinični center Maribor

Projektna skupina

Sestava projektne skupine

Tip

Temeljni raziskovalni projekt

Trajanje

1. 7. 2018 – 30. 6. 2021

Financer

Javna agencija za znanstvenoraziskovalno in inovacijsko dejavnost RS

Vsebinski opis

Trojni negativni rak dojke (TNRD) predstavlja podtip raka dojke (RD) s slabo prognozo. Med vsemi raki dojke predstavlja le ta približno 10-20% letno novoodkritih rakov. Nedavne raziskave še vedno niso uspele odgovoriti na vprašanja najboljšega načina zgodnjega odkrivanja TNBC, napovedne dejavnike kliničnega napredovanja TNRD (agresivnost, potencial metastaziranja) in optimizacijo zdravljenja. Zaradi najmanj natančno definiranih tarč za zdravljenje TNRD od vseh podtipov RD imajo bolniki s TNRD slabo prognozo in veliko tveganje za razvoj lokalne ponovitve RD in pojav metastaz. Zdravljenje TNRD je trenutno zastavljeno zelo agresivno. Vendar raziskave ugotavljajo, da nima vsaka izmed bolnic s TNRD enako agresiven tumor in je potrebno upoštevati molekularni podtip raka dojke. Na podlagi tega kažejo najnovejše ugotovitve, da je potrebno zdravljenje za preprečevanje preveč ali premalo agresivnega zdravljenja personalizirati s pomočjo neinvazivnih metod diagnostike agresivnosti in potenciala mestastaziranja tumorja. Tako so se pojavile potrebe po stratifikaciji in personalizaciji zdravljenja na podlagi dokazov. Namen tega projekta je pridobitev razumevanja o biologiji TNRD s pomočjo integracije genetskih (genotipizacije in odkrivanja proste cirkulirajoče DNA v plazmi), izražanja (RNAseq), epigenetskih (DNA modifikacije) in regulatornih (profiliranje nekodiranih RNA, alternativnih spojev) z bioinformatskimi orodji (genska ontologija). Na podlagi razumevanja biologije TNRD bomo nato lahko ugotovili pomembne biooznačevalce, pomembne v biologiji in značilnostih TNRD. Pričakujemo, da bomo analizirali več kot 150 vzorcev tkiva bolnikov s TNRD. Prospektivno bodo vključeni tudi krvni vzorci in vzorci tkiva, s katerimi bomo dodatno vključili približno 50 bolnic s TNRD. Odkritje bo: i) dopolnilo razumevanje neinvazivnih biomarkerjev pri ugotavljanju agresivnosti bolezni in potencialu metastaziranja, ii) vodilo do razvoja diagnostičnega algoritma, ki povezuje že znane klinične parametre, patološke parametre in genetske / molekularne podatke, in tako omogočilo optimalno metodo zdravljenja pri bolnikih in nadaljnji nadzor bolnikov z diagnosticiranim TNBC in ii) pripomoglo k razvoju tarč za usmerjeno zdravljenje TNRD.

Objave in izsledki:

SOBOČAN, Monika, TURK, Maja, ČATER, Pija, ČAS-SIKOŠEK, Nina, CRNOBRNJA, Bojana, TAKAČ, Iztok, ARKO, Darja. Clinical features and their effect on outcomes of patients with triple negative breast cancer with or without lymph node involvement. JIMR on-line, ISSN 1473-2300, 2019, vol. , no. , str. [1]-9, ilustr. https://journals.sagepub.com/doi/full/10.1177/0300060519887259, doi: 10.1177/0300060519887259. [COBISS.SI-ID 6873663]

M. Sobočan, Ž. Ledinek, B. Crnobrnja, N. Čas Sikošek, N. Fokter Dovnik, R. Kavalar, J. Knez, I. Takač. "The value of uPA and PAI-1 levels in triple negative breast cancer"

CVIKL, Janina Gea, REPNIK, Katja, TAKAČ, Iztok, POTOČNIK, Uroš. Comparison of three methods for DNA extraction for SNP genotyping in breast cancer patients. V: PINTAR, Albin (ur.). Zbornik povzetkov = Book of abstracts. 25th Annual Meeting of the Slovenian Chemical Society, 25.-27. september 2019, Maribor, Slovenija. Ljubljana: Slovensko kemijsko društvo, 2019. Str. 160. ISBN 978-961-93849-6-1. [COBISS.SI-ID 22628886]

CVIKL, Janina Gea, REPNIK, Katja, TAKAČ, Iztok, POTOČNIK, Uroš. Comparison of three methods for DNA extraction from tissue samples and blood lymphocytes of breast cancer patients. V: KLJUN, Jakob (ur.), PALJK, Tina (ur.). Communicating in science : book of abstracts. Cutting Edge, scientific conference for young researchers, 17. 9. 2019. Ljubljana: Fakulteta za kemijo in kemijsko tehnologijo, 2019. Str. 66. ISBN 978-961-7078-04-6. [COBISS.SI-ID 22599702]

SKOK, Kristijan, GRADIŠNIK, Lidija, ČELEŠNIK, Helena Sabina, POTOČNIK, Uroš, KAVALAR, Rajko, TAKAČ, Iztok, MAVER, Uroš. Isolation and characterization of the first Slovenian human triple-negative breast cancer cell line. The breast journal, ISSN 1524-4741. [Online ed.], 2019, vol. , no. , str. 1-3, ilustr. https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/tbj.13695, doi: 10.1111/tbj.13695. [COBISS.SI-ID 6854207].

ČELEŠNIK, Helena Sabina, POTOČNIK, Uroš. Limitations of 5-Aza-dc-treated DNA as unmethylated standard and optimization of methylation controls for Methylation-sensitive high resolution melting analyses. V: REŽEN, Tadeja (ur.). Book of abstracts. 1st electronic ed. Ljubljana: University of Ljubljana, Faculty of Medicine. 2019, str. 27. http://cfgbc.mf.uni-lj.si/2019eracosysmed/. [COBISS.SI-ID 512906040]

ČELEŠNIK, Helena Sabina, BJELIĆ, Dragana, SOBOČAN, Monika, TAKAČ, Iztok, POTOČNIK, Uroš. Correlation of genetic and epigenetic biomarkers for prognosis of triple negative breast cancer progression and invasiveness. V: SKOČAJ, Matej (ur.). Genetika 2018 : book of abstracts, 8th Congress of the Genetics Society of Slovenia [and] 8th Meeting of the Slovenian Society of Human Genetics, September 19-21, 2018. Ljubljana: Slovensko genetsko društvo: = Genetics Society of Slovenia. 2018, str. 117. https://repozitorij.uni-lj.si/Dokument.php?id=114563&lang=slv. [COBISS.SI-ID 512837432]

CRNOBRNJA, Bojana, KNEZ, Jure, SOBOČAN, Monika, ČAS-SIKOŠEK, Nina, VOGRIN, Veronika, REPNIK, Katja, HEITZER, Ellen, POTOČNIK, Uroš, TAKAČ, Iztok. Free-cell tumor DNA as a biomarker for early breast cancer. International journal of gynecological cancer. [Online ed.]. 2019, vol. 29, suppl. 4, str. a178. ISSN 1525-1438 [COBISS.SI-ID 6829119].

SOBOČAN, Monika, BELAK, Urška, ČAS-SIKOŠEK, Nina, KOZAR, Nejc, KRAJNC, K.K., TAKAČ, Iztok, ARKO, Darja. The predictive value of NHS PREDICT for triple negative breast cancer. Annals of oncology, ISSN 1569-8041. [Online ed.], May 2019, vol. 30, suppl. 3, str. III70. [COBISS.SI-ID 6673983]

Diplomska naloga:

Analizirali smo nekaj kandidatnih polimorfizmov v genih MMP1, MMP2, MMP3, MMP7 in MMP9, ki smo jih genotipizirali z metodo talilne krivulje visoke ločljivosti (angl. HRM, High Resolution Melting), na primer rs1799750 ter rs498186 v genu MMP1, rs3918242 ter rs17577 v genu MMP9 (1. diplomska naloga), ki sta pokazala povezavo z nastankom raka dojk, rs650108 v genu MMP3 pa je pokazal povezavo s starostjo ob diagnozi. Prav tako smo tarčno analizirali nekatere somatske mutacije, npr. znotraj gena TP53 (2. diplomska naloga)

Bibliografske reference

Bibliografske reference projektne skupine

Naslov projekta

Napredne genomske analize slovenskih otrok z motnjami avtističnega spektra

Šifra

Z3-9294

Vodja

Asist. dr. Danijela Krgović, univ. dipl. biokem.

Vodilna organizacija

Univerzitetni klinični center Maribor

Projektna skupina

Sestava projektne skupine

Tip

Podoktorski raziskovalni projekt (zaključen)

Trajanje

1. 7. 2018 – 1.12. 2020 (zaključen)

Financer

Javna agencija za znanstvenoraziskovalno in inovacijsko dejavnost RS

Vsebinski opis

Zaradi tehnološkega napredka je v zadnjih nekaj letih na področju genetike MAS (motnje avtističnega spektra) dosežen viden napredek. Trenutno je prva metoda izbora v genetski diagnostiki otrok z razvojno–nevrološkimi motnjami, med katere uvrščamo tudi MAS, molekularna kariotipizacija, ki omogoča detekcijo strukturnih genomskih variabilnosti z diagnostičnim izplenom 15-20% (Miller DT, et al., 2010).

Cilj naše raziskave je bila vpeljava najnovejše tehnologije, sekvenciranje nove generacije (metoda NGS), ki omogoča določanje prisotnosti redkih genetskih različic (SNV), kot dodaten genetski vzrok nastanka MAS. V našo raziskavo smo vključili 148 otrok s postavljeno klinično diagnozo suma MAS. Analize z metodo NGS smo izvedli le pri preiskovancih, pri katerih z molekularno kariotipizacijo nismo mogli pojasniti nastanka motnje.

Rezultati analize NGS so pokazali, da je skoraj 11% preiskovancev nosilcev redke na novo nastale patogene različice, ki pojasni etiologijo njihove bolezni. Redko patogeno ali verjetno patogeno različico v genih povezanih z razvojno- nevrološkimi motnjami smo določili pri 28,4% slovenskih otrok s sumom na MAS, kar je višji izplen od molekularne kariotipizacije. S pomočjo študije smo tako določili možen genetski vzrok za MAS pri znatno višjemu številu pacientov in s tem pripomogli k boljši napovedi bolezni pri otroku ter boljših možnosti zdravljenja.

Pri 10–15% bolnikov z MAS so vzrok za nastanek motnje mendelska bolezen ali nek genetski sindrom. Novejše genetske metode, kot so molekularna kariotipizacija, so omogočile detekcijo strukturnih genomskih variabilnostih (SGV). SGV so mikroduplikacije in mikrodelecije v genomu, ki lahko pojasnijo genetski izvor MAS pri kar 15-20% bolnikov. Ker je uvedba molekularne kariotipizacije v diagnostiki razvojno–nevroloških motenj bistveno povečala število posameznikov, pri katerih so lahko določili genetski vzrok nastanka motnje, je ta postala prva metoda izbora pri diagnosticiranju otrok z duševno manjrazvitostjo, razvojnim zaostankom, s prirojenimi nepravilnostmi in z MAS (Miller DT, et al., 2010). Vendar, kljub intenzivni genetski obravnavi otrok z razvojno–nevrološkimi motnjami, pri skoraj polovici obravnavanih ostaja vzrok motnje še vedno nepojasnjen. Najnovejše tehnike, kot je metoda sekvenciranja naslednje generacije ( angl. next-generation sequencing - NGS), ki omogočajo bistveno natančnejše proučevanje humanega genoma kot katerakoli genetska metoda do sedaj (na nivoju posameznega baznega para), obljubljajo še boljše razumevanje etiologije MAS. Uporaba metode NGS pri bolniki z MAS je pokazala prisotnost redke genetske različice oz. mutacije vpletene v genetiko MAS pri več kot 8% obolelih, pri katerih genetskega vzroka prej niso mogli določiti (Geschwind DH et al., 2015; Bourgeron T., 2016).

V okviru večletne študije, smo v Laboratoriju za medicinsko genetiko, UKC Maribor, izvedli oceno molekularne kariotipizacije kot diagnostične metode pri slovenskih otrocih z razvojno- nevrološkimi motnjami. Med njimi, je bilo v našo raziskavo vključenih 159 otrok z MAS. Z uporabo molekularne kariotipizacije smo določili prisotnost SGV, ki lahko pojasni genetski vzrok motnje, pri 12,6% preiskovancev. Rezultati opravljene študije so bili predstavljeni v okviru doktorske disertacije (COBISS.SI-ID 512489016).

Ocenjuje se, da bi z uvedbo metode NGS v diagnostiko MAS, bil diagnostičen izplen metode primerljiv ali večji od molekularne kariotipizacije, ki trenutno velja kot prva metoda izbora. Tako bi lahko z natančnejšo NGS analizo genoma pojasnili nastanek motnje pri vsaj še 10-20% slovenskih otrok.

Cilji naše raziskave je slonel na proučevanju prisotnosti redkih genetskih različic z metodo NGS pri slovenskih otrocih z nepojasnjeno MAS ter uvedbi te metode v diagnostiko razvojno- nevroloških motenj. Pri tem smo se predvsem osredotočili določevanju vpliva analizirane različice na razvoj motnje pri posamezniku in postavitve genotip–fenotip povezave. Raziskava nam je prav tako omogočila oceno učinkovitosti (diagnostični izplen) uporabe metode NGS. Da bi zagotovili učinkovito doseganje ciljev projekta smo projekt razdelili v 5 delovnih procesov (WP1- WP5).

Načrt izvedbe projekta in časovna razporeditev

ŠIFRA

NASLOV PROJEKTA

TRAJANJE

VODJA V UKC MB

P2-0046

Separacijski procesi in produktna tehnika

1.1.2004―31.12.2024

Prim. izr. prof. Artur Pahor, dr. med

P3-0036

Bio-psiho-socialni model kvalitete življenja

1.7.2004―31.12.2021

Doc. dr. Jernej Dolinšek, dr. med.

P3-0321

Napovedni dejavniki poteka bolezni in odgovori na zdravljenje pri različnih vrstah raka

1.7.2004―31.12.2025

Prof. dr. Iztok Takač, dr. med., svetnik

P3-0352

Družine s povišano ali visoko ogroženostjo za raka: svetovanje, odkrivanje mutacij in preprečevanje raka

1.1.2018 - 31.12.2023

Prim. doc. dr. Bogdan Čizmarević, dr. med

P4-0220

Primerjalna genomika in genomska biodiverziteta

1.1.2020 - 31.12.2025

Prof. dr. Nadja Kokalj Vokač, univ. dipl. biol.

J3-1762

Nov inovativen pristop k zdravljenju pleničnega izpuščaja z uporabo plenic z vgrajenimi probiotičnimi bakterijami

1.7.2019 -30.06.2022

Prof. dr. Nataša Marčun Varda, dr. med.

J2-1725

Pametni materiali za bioaplikacije

1.7.2019 - 30.06.2022

Prim. izr. prof. Artur Pahor, dr. med

J3-9258

Molekularno genetski biooznačevalci in mehanizmi neodzivnosti na biološko zdravljenje zanti-TNF bolnikov s kroničnimi imunskimi boleznimi

1.7.2018 - 30.06.2021

Prof. dr. Pavel Skok, dr. med.

J3-9434

Novi pristopi k prepoznavi in preprečevanju samomorilnega vedenja in drugih dejavnikov tveganja na področju duševnega zdravja mladostnikov

1.7.2018 - 30.06.2021

Izr. prof. dr. Hojka Gregorič Kumperščak, dr. med.